VASP

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¿Qué es?

VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) es un paquete de mecánica cuántica para simulaciones de dinámica molecular a nivel ab initio, utilizando pseudopotenciales o el método Projector-Augmented Wave (PAW) y una base de ondas planas.

La metodología usada en este software se basa en la aproximación local de la densidad (LDA) y una evaluación exacta del estado fundamental en cada paso de la dinámica molecul

Modulos

Se encuentra disponible en:

Lmod

  • VASP/5.4.1

Definir entorno

En el archivo INCAR configuramos las siguientes variables respecto a la reserva que hagamos para tener idealmente de 1 átomo por core.

NPAR = 5 #cantidad de nodos
NCORE = 20 #cantidad de cores por nodo
 
#evitar exceso de carga en I/O
LWAVE  = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
LVTOT  = .FALSE.

Ejemplo de Lanzador

Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ejemplo
#SBATCH --mail-user=usuario@correo.cl
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=%j_%x.out
#SBATCH --error=%j_%x.err
#SBATCH --partition=slims
#SBATCH -n 100
#SBATCH --ntasks-per-node=20 # en este caso solicitaríamos 5 nodos completos (100/20)
#SBATCH --mem-per-cpu=2400 # solicitaríamos los 48G de memoria disponible por cada nodo
 
module purge
module load Lmod/6.5
source $LMOD_PROFILE
module load intel/2017a VASP/5.4.1
 
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1
export MKL_DYNAMIC=FALSE
 
#vasp_std for standard NVT calculation and non-gamma k-points
#vasp_gam for standard NVT calculation and only gamma-point
#vasp_ncl for NPT ensemble and non-gamma-point calculations
 
EXEC=vasp_gam
BINVASP="${EXEC}"
export BINVASP
srun $BINVASP

El uso de este software está restringido a los usuarios que dispongan de una licencia válida de VASP, la cual deben enviar al correo de soporte.

Referencias